肺部：吸烟会引致肺癌。90%的总死亡率是由吸烟所导致。一个人每天吸食十支烟，其患病率是非吸烟人士之十倍。被破坏的细胞不能回复正常。初期病症不会被察觉，直至癌性细胞漫延至血管及其他器官。吸烟亦会引致肺气肿，肺部支气管内积聚之有毒物质，会阻碍人体吸入之空气正常呼出，令肺部细胞膨胀或爆裂，导致患病者呼吸困难。

脑部：吸烟会引致多种脑部疾病，会减低循环脑部之氧气及血液，引致脑部血管出血及闭塞，而导致麻痹、智力衰退及中风。中风原因是吸烟导致脑部血管痉挛，使血液比较容易凝结。吸烟者中风机率较非吸烟人士高出两倍。

喉部：吸烟可导致喉癌。喉癌患者以男性居多。

胃部：患有肠胃性疾病者，吸烟足以使肠胃病更恶化。患有胃溃疡或十二指肠溃疡者，溃疡处的愈合会减慢，甚至演变为慢性病。吸烟能刺激神经系统，加速唾液及胃液的分泌，使胃肠时常出现紧张状态，导致吸烟者食欲不振。另外，尼古丁会使胃肠黏膜的血管收缩，亦令食欲减退。

骨骼：吸烟人士的断骨康复期要比不吸烟人士长。可能是烟所含的尼古丁及一氧化碳拖缓了骨骼的再生的进度。尼古丁令血管收缩，降低了流到新生骨骼的血量。吸烟时吸入的一氧化碳，亦同时减少进入身体的氧气比率。吸烟会引致盘骨炎及背痛。每天抽烟十支以上，将盘骨炎患病率提高一倍。有严重背痛的人大部分都有很大烟瘾，这是由於吸烟会引致流向关节盘的血液减少，关节盘因而提早退化。吸烟会引致关节炎。每天吸食一包烟，将提高患病率达50%。停经后女性吸烟者更容易患骨折及关节病。吸烟导致骨质流失更快。妇女由青春期至踏入更年期，每日持续吸烟一包，其骨骼比非吸烟者少百分之五至十。当步入更年期后吸烟者的骨质流失率更快。吸烟会干扰雌激素，而雌激素正是骨骼发展的重要荷尔蒙。

支气管：吸烟是导致慢性阻塞气管疾病的主要发病因素。因为吸烟能引致支气管上皮细胞的纤毛变短和不规则及其和运动发生障碍，降低局部性抵抗力，容易受到感染。

肝脏：吸烟会加重肝脏负担。经常抽烟会影响肝脏的脂质代谢作用，令血中脂肪增加，使到良性胆固醇减少，恶性胆固醇增加。这个原因令肝脏的解毒功能增加负担。

肠：吸烟会导致结肠癌。患此癌的机会则与吸食烟草的分量成正比。研究显示停止吸烟虽然可以减低其他疾病例如心脏病、肺癌等的机会，但患上结肠癌的危险就仍然非常大。

眼部：吸烟会引起白内障，影响视力。研究显示每天吸烟超过一包的白内障患者是从不吸烟者的2倍。

生殖系统：吸烟对脊髓的神经中枢起抑制作用，使吸烟男人性欲变弱，又由于吸烟能使血管收缩、痉挛，引起末梢血循环障碍。因此，吸烟是导致阳萎的最主要原因。澳洲和加拿大已在香烟盒上直截了当地印上这个信息。另外，吸烟可影响精子的活力，使畸形精子增多，停止吸烟三至六个月后，方可恢复正常。如想要一个聪明、健康的孩子，婴儿专家提倡一定要停止吸烟三到六个月。

心脏及血管：吸烟会使脂肪积聚、血管闭塞，令吸烟者容易患冠状动脉心脏病。因吸烟而导致的心脏病死亡率占全部的25%。50岁以上吸烟人士的患病率提高2倍。50岁以下吸烟人士的患病率提高9至14倍。吸烟令血管收缩，减慢血液及氧份循环，最终导致血管壁变厚，诱发冠心病及中风。吸烟会令手脚血液流通完全受阻，以致截肢。